La Sede Machala es un área funcional del nivel académico – administrativo que con una estructura de soporte conformada por la Comisión Académica de la sede, la Comisión de Investigación y/o Vinculación con la Sociedad y las correspondientes direcciones de Escuelas y Carreras, así como una unidad administrativa para los servicios y personal de apoyo. Establece relaciones con las áreas del rectorado y los vicerrectorados.

El Director de la sede tiene bajo su responsabilidad la dirección de las funciones desconcentradas en los ámbitos academia, investigación, vinculación y gestión administrativa de la Sede, en cumplimiento de las políticas y lineamientos institucionales emanados del Consejo Académico Superior y del Rector/a, de acuerdo a las funciones señaladas en el Estatuto Institucional y su Reglamento General.